综合医院院级平台化样本库各类分库效能的比较

陈奕霖, 魏巍, 李秀红, 张璇, 黄涛, 张平, 张允

陈奕霖, 魏巍, 李秀红, 张璇, 黄涛, 张平, 张允. 综合医院院级平台化样本库各类分库效能的比较[J]. 协和医学杂志, 2020, 11(2): 213-217. DOI: 10.3969/j.issn.1674-9081.20190074
引用本文: 陈奕霖, 魏巍, 李秀红, 张璇, 黄涛, 张平, 张允. 综合医院院级平台化样本库各类分库效能的比较[J]. 协和医学杂志, 2020, 11(2): 213-217. DOI: 10.3969/j.issn.1674-9081.20190074
Yi-lin CHEN, Wei WEI, Xiu-hong LI, Xuan ZHANG, Tao HUANG, Ping ZHANG, Yun ZHANG. Comparisons of the Efficiency of Different Hospital-level Platform-based Sub-Biobanks in General Hospital[J]. Medical Journal of Peking Union Medical College Hospital, 2020, 11(2): 213-217. DOI: 10.3969/j.issn.1674-9081.20190074
Citation: Yi-lin CHEN, Wei WEI, Xiu-hong LI, Xuan ZHANG, Tao HUANG, Ping ZHANG, Yun ZHANG. Comparisons of the Efficiency of Different Hospital-level Platform-based Sub-Biobanks in General Hospital[J]. Medical Journal of Peking Union Medical College Hospital, 2020, 11(2): 213-217. DOI: 10.3969/j.issn.1674-9081.20190074

综合医院院级平台化样本库各类分库效能的比较

基金项目: 

北京市医院管理局消化内科协同发展中心协同创新支撑体系建设消化系统临床样本资源网络建设与协同发展研究 XXX0103

详细信息
    通讯作者:

    张允 电话:010-63139302, E-mail:15301167850@163.com

  • 中图分类号: R446.9

Comparisons of the Efficiency of Different Hospital-level Platform-based Sub-Biobanks in General Hospital

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  • 摘要:
      目的  提出综合医院平台化样本库各分库表现的评价方法, 并对各分库的综合表现进行评估, 以期为从事样本库建设的同仁提供参考。
      方法  将北京友谊医院2014年10月1日至2018年3月31日期间建立的所有样本分库纳入本研究。采用样本入库、样本应用以及样本质量3项指标进行分析评价, 并将上述3项指标赋予不同权重进行综合评估(样本入库30%、样本应用30%、样本质量40%)。
      结果  77个样本分库中, 项目库22个, 储备库55个。入库评分方面, 项目库和储备库差异无统计学意义(50.7±30.1比47.6±29.9, P=0.1614);应用评分、样本质量评分以及综合评分方面, 项目库均显著高于储备库[应用评分:30.3(0, 84.2)比0(0, 31.6), P=0.0327;质量评分:100.0±0.0比94.5±22.9, P=0.0444;综合评分:62.5±14.8比57.9±17.9, P=0.0077]。
      结论  综合医院院级平台化样本库中项目库的综合表现优于储备库。
    Abstract:
      Objective  The aim of this study was to present a method for evaluating the comprehensive performance of each platform-based sub-Biobanks of a general hospital in order to provide reasonable advice to new Biobankers.
      Methods  We conducted a comprehensive analysis of all these sub-Biobanks from three aspects including specimen incoming, specimen application, and specimen quality as well.We gave different weight of these 3 indicators for comprehensive evaluation(30% for incoming, 30% for application, and 40% for quality).
      Results  A total of 77 sub-Biobanks were included in this study, with 22 project-based Biobanks and 55 reserve Biobanks. There was no significant difference in specimen incoming scores between project-based banks and reserve banks (50.7±30.1 vs. 47.6±29.9, P=0.1614). Project-based Biobanks scored significantly better than reserve Biobanks in specimen application[30.3(0, 84.2) vs. 0(0, 31.6), P=0.0327], specimen quality (100.0±0.0 vs. 94.5±22.9, P=0.0444), and comprehensive score (62.5±14.8 vs. 57.9±17.9, P=0.0077).
      Conclusion  Project-based Biobanks' comprehensive performance isbetter than that of reserve Biobanks in platform-based Biobanks of general hospitals.
  • 临床信息和生物样本是临床研究和基础研究的宝贵资源,也是转化医学研究的基石[1]。近年来,大量医疗机构已经建成或正在建设自己的样本库,其建设规模、资源类型、运行模式、技术方法、应用转化等各具特色,随之而来的质量问题已引起样本库管理者和使用者的广泛重视[2]。由于临床样本资源具有应用目的不确定性、唯一性和不可再生性等特点,样本的质量控制方法通常较为普适而缺乏特异性,这也是样本库开展质量工作的难点之一[3]

    笔者所在的北京友谊医院为三级甲等综合医院,样本库建于2014年10月,场地和人员均独立设置,存储容量接近百万,并于2016年11月获得ISO9001:2015认证。采用院级平台化集约管理的样本库运行模式[4],即采集环节分散在各科室,采集后转运至样本库,制备-标识-存储等环节均由样本库统一完成。在实际工作中,考虑样本资源的特殊属性,故将质量策略定为“重心前移、贯穿始终、重在预防”,即分库建设前期进行针对性设计、样本保藏过程中实施关键环节管控、在样本储存中定期开展抽样质检,以此保障样本产生过程可追溯[5]且保证各个环节中影响样本质量的关键因素受控。5年来,北京友谊医院样本库已辅助各项目和科室建设各类型样本分库70余个。样本数量增长迅速但应用数量不足,可持续发展是将要面临的重要问题;此外,各分库间在样本流通、样本质量等方面均存在较大差异。因此,如何对各样本分库进行评价和管理迫在眉睫,目前国内外仍缺乏有效的管理措施以对各分库进行综合评价。

    本文比较并分析了北京友谊医院各类型分库间样本入库、出库应用和样本质量情况,提出了综合医院平台化样本库各分库表现的评价方法,并对各分库的综合表现进行评估。以期通过对核心因素的控制和优化改进,不断提升分库表现和样本库价值,为样本库绩效评价提供考核依据,也为已经建成或即将开展样本库建设工作的同仁提供参考。

    将北京友谊医院2014年10月1日至2018年3月31日期间建立的所有样本分库纳入本研究。样本分库分为项目库和储备库。项目库指分库建立时已有研究项目支撑、采集计划较明确、终产品清晰的分库;储备库指分库建立时无特定研究项目支持、未来用途尚不很明确或较为宽泛的分库。

    为更客观、公正、真实地反映各分库的能效,本文从各分库的样本入库、样本应用以及样本生物学质量情况3方面进行分析。

    根据样本入库工作是否有确定的时间计划和周期,分为阶段性分库和持续性分库。为评价阶段性分库的入库情况,使用分库的相对增长率,即样本末次入库和首次入库的季度末病例数差占首次入库的季度末病例数的比值,评价其入库情况。相对增长率越高,说明入库越积极,相应的样本入库评分越高。为评价持续性分库的入库情况,以入库时间点(每季度)和新增病例数两个变量拟合线性方程,计算斜率作为其入库情况的评价指标。斜率值约大,表示入库越积极,相应的样本入库评分越高。对斜率(或相对增长率)进行由低到高的排序,根据排名对入库情况进行评分,满分100分。入库评分A=排名/分库总数×100。

    使用分库的样本出库率作为评价指标,出库率越高,表示样本应用情况越好,相应的应用评分越高。对出库率由低到高进行排序,根据排名对样本应用情况进行评分,满分100分。应用评分B=排名/分库总数×100。

    使用分库的样本质量控制结果作为评价指标。其方法为根据各分库各类型的样本量,按千分之一的比例抽样进行核酸提取,每个分库至少抽取1管,至多抽取10管。通过核酸质量判断分库样本质量,不合格的判断标准是核酸高度降解或浓度过低。样本的质量是其最重要的属性,是样本真实状况的具体表现,因此在质量评价中应具有否决权,在综合评价中应被赋予更高的权重。质量控制出现过不合格表示样本质量情况不佳,质量评分C=0;质控未出现过不合格,表示样本质量情况良好,质量评分C=100。

    为对各分库进行客观而综合的评价,将以上入库、应用和质量3方面的分值相结合并赋予不同权重,计算各分库综合评分Y=30%A+30%B+40%C。

    采用SAS9.4软件(SASInstituteInc., Cary, NC)进行统计学分析。满足正态分布的计量资料采用均值±标准差表示,组间比较采用两独立样本t检验;非正态分布的计量资料以中位数(四分位数间距)表示,组间比较采用秩和检验。计数资料采用频数(率)表示,组间比较采用卡方检验或Fisher精确概率检验。以P<0.05为差异具有统计学意义。

    北京友谊医院目前共有样本分库77个(图 1),其中临床科室服务样本分库27个,支持各类科学研究60余项,病种复杂多样,涉及学科广泛,体现了样本库作为服务性科研平台的特征。

    图  1  样本库成立以来分库数目的递增情况

    77个样本分库中,储备库55个,项目库22个。其中储备库中有7个(12.73%)为多病种库,48个(87.27%)为单病种库;项目库中有6个(27.27%)为多病种库,16个(72.73%)为单病种库。储备库中相关工作人员不固定的情况更多(储备库:30.91%;项目库:13.64%);项目库中,相关工作人员固定的情况更多(储备库:69.09%;项目库:86.36%)。另外,储备库中建库方标准操作程序(standard operation procedure,SOP)模糊的情况更多(储备库:36.36%;项目库:27.27%);项目库中,建库方SOP明确的情况更多(储备库:63.64%;项目库:72.73%)(图 2)。

    图  2  项目库和储备库的具体情况SOP:标准操作程序

    项目库和储备库的入库评分结果差异无统计学意义;但项目库中,入库评分在高分区段(80~100分)的分库比例(36.4%)明显高于储备库中在高分区段的分库比例(14.5%),P=0.0086(表 1)。

    表  1  各类分库样本入库评分分布表
    样本分库 入库评分
    (x±s)
    分值分布[n(%)]
    [0, 20) [20, 40) [40, 60) [60, 80) [80, 100]
    项目库(n=22) 50.7±30.1 5(22.7) 2(9.1) 3(13.6) 4(18.2) 8(36.4)
    储备库(n=55) 47.6±29.9 12(21.8) 12(21.8) 12(21.8) 11(20.0) 8(14.5)
    t/χ2 1.4040 0.0472 0.9620 0.2500 0.0186 3.3150
    P 0.1614 0.8280 0.3266 0.6168 0.8914 0.0086
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    观察项目库和储备库的应用评分发现,项目库的应用评分[30.3(0, 84.2)]显著高于储备库[0(0, 31.6)],P=0.0327;目库中应用评分在高分区段(80~100分)的分库比例(31.8%)亦明显高于储备库中在高分区段的分库比例(0),P=0.0001,即所有高分区段的分库均为项目库(表 2)。

    表  2  各类分库样本应用情况评分分布表
    样本分库 应用评分
    [M(QR)]
    分值分布[n(%)]
    [0, 20) [20, 40) [40, 60) [60, 80) [80, 100]
    项目库(n=22) 30.3(0, 84.2) 10(45.5) 4(18.2) 0(0) 1(4.5) 7(31.8)
    储备库(n=55) 0(0, 31.6) 38(69.1) 4(7.3) 7(12.7) 6(10.9) 0(0)
    z/χ2 2.1353 2.8000 1.0080 1.7320 0.1930 15.5920
    P 0.0327 0.0942 0.3154 0.1881 0.6608 0.0001
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    项目库的质量评分(100.0±0.0)显著高于储备库(94.5±22.9)(P=0.0444),且质量控制出现过不合格的均为储备库(表 3)。

    表  3  各类分库样本质量情况评分表
    样本分库 质量评分
    (x±s)
    合格情况分布[n(%)]
    出现过不合格 未出现过不合格
    项目库(n=22) 100.0±0.0 0(0) 22(100)
    储备库(n=55) 94.5±22.9 4(7.3) 51(92.7)
    t/χ2 2.0600 0.5340
    P 0.0444 0.4649
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    项目库的综合评分(62.5±14.8)显著高于储备库(57.9±17.9)(P=0.0077),且综合评分最优的2个分库均为项目库,综合评分最低的4个分库均为储备库(表 4)。

    表  4  各类分库综合评分情况表
    样本分库 综合评分
    (x±s)
    分值分布[n(%)]
    [0, 40) [40, 60) [60, 80) [80, 90) [90, 100]
    项目库(n=22) 62.5±14.8 0(0) 7(31.8) 8(36.4) 5(22.7) 2(9.1)
    储备库(n=55) 57.9±17.9 4(7.3) 24(43.6) 23(41.8) 4(7.3) 0(0)
    t/χ2 2.8000 0.5340 0.4870 0.0337 2.2930 2.1690
    P 0.0077 0.4649 0.4851 0.8542 0.1300 0.1408
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    本研究结果显示,在应用评分、样本质量评分以及综合评分方面,项目库均显著高于储备库[应用评分:30.3(0, 84.2)比0(0,31.6),P=0.0327;质量评分:100.0±0.0比94.5±22.9,P=0.0444;综合评分:62.5±14.8比57.9±17.9,P=0.0077],质量控制出现过不合格的分库均为储备库,应用评分高分区段的分库均为项目库,且综合评分最优的2个分库均为项目库,综合评分最低的4个分库均为储备库。说明项目库的综合表现比储备库更好。但从整体来看,各分库的出库应用表现相对入库均有待提高,多数分库的应用评分低于20分。

    储备库因其未来研究方向不确定,即保藏行为的目的性不强、约束力不足,故此类分库在运行过程中常具备以下特点:(1)样本采集环节:在特定疾病或某特定科室范围内,对获得知情同意的全部患者进行广泛采集,即样本采集的纳入和排除标准不清晰;(2)制备和存储环节:对制备和存储无研究特异性要求,采用样本库通用操作流程,故终产品的类型、制备方法、存储条件等在一定程度上会限制其后续应用;(3)管理:负责人不明确、相关参与人员较多(如科室医生、护士、研究生等)且流动性大,因此样本采集和内部运输环节中存在较多不可控因素,导致样本分析前变量差异较大,严重影响样本的质量。

    项目库因研究方向明确、应用计划清晰,即保藏行为目的性强且研究进度受项目管理约束,故此类分库在运行过程中常具备以下特点:(1)保藏环节:样本的采集、制备和存储方案明确,终产品与应用目的匹配性好,采集活动在项目初期持续进行,样本量积累充足、集中出库应用;(2)管理:项目负责人明确,相关参与人员固定,研究进度受监管,具备结题考核压力,能够促使项目按期执行;(3)经费:有可支配的科研经费以便对相关参与人员进行绩效考核,因此样本的分析前变量更可控,样本质量得以提高。

    由于项目库在保障分库运行的稳定性、高效性和高质性方面具备以上有利因素,故其在样本入库、出库应用率和样本质量方面均有较好的表现。可见计划、人员、资金等因素均为样本库高效高质运行的重要保障性因素。因此,储备库应借鉴项目库的经验,在建设前期确定拟开展的研究或选定几个研究方向,据此制定样本及信息的采集、制备和存储方案,充分考虑血液、组织等常见类型样本外可能采集的其他类型样本以匹配更多的下游研究。因为样本采集类型、数量和存储方式均与成本相关,且会间接影响分库的可持续性。因此应对样本采集量、成本、人力和财力状况进行评估。分库的合理性和可行性评估,是其工作持续开展的有效保障。储备库在短期内应用率不高,可制定合适的质控计划以确定样本高质可用,长期样本(如存储5年以上)在适当的条件下可采取对外合作的方式促进其应用[6-7]

    本研究尚存在一定局限性:(1)仅对一家样本库进行分库评价。虽然作为综合医院的平台级样本库,覆盖的科室、分库类型和样本类型较为全面,但仍需扩大研究对象,对更多同类型的样本分库进行分析比较,以验证这一评价方法的适用性;(2)虽然目前已有对样本质量(价值)的评价方法[8],但针对分库质量(价值)的评价方法尚未见发表。本文的评价方法作为初步尝试,评价指标还有待完善,其影响因素还有待进一步剖析;(3)本研究未纳入样本相关数据信息作为评价指标;(4)本研究未将分库的转化应用程度量化为评价指标(包括基金项目、论文著作、标准、专利、软件、产品等);(5)我院样本库建成至今已近5年,但各分库建立时间不同,其中有很多分库的建库时间较短,一定程度上影响了该类分库的评分。后续笔者会持续进行跟踪分析,进一步完善此评价体系。

    综上所述,综合医院设立平台化样本库为科研提供辅助和支持是十分必要的。综合评价样本出入库流通情况和样本质量情况,项目库优于储备库。储备库在开展前期可借鉴项目库的经验,在入库计划、专人负责、聚焦应用方向等方面进行一定的思索和调整,切忌盲目进行样本资源保藏,这是一种资源浪费,也是对捐赠者的不负责任。

    利益冲突  无
  • 图  1   样本库成立以来分库数目的递增情况

    图  2   项目库和储备库的具体情况SOP:标准操作程序

    表  1   各类分库样本入库评分分布表

    样本分库 入库评分
    (x±s)
    分值分布[n(%)]
    [0, 20) [20, 40) [40, 60) [60, 80) [80, 100]
    项目库(n=22) 50.7±30.1 5(22.7) 2(9.1) 3(13.6) 4(18.2) 8(36.4)
    储备库(n=55) 47.6±29.9 12(21.8) 12(21.8) 12(21.8) 11(20.0) 8(14.5)
    t/χ2 1.4040 0.0472 0.9620 0.2500 0.0186 3.3150
    P 0.1614 0.8280 0.3266 0.6168 0.8914 0.0086
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    表  2   各类分库样本应用情况评分分布表

    样本分库 应用评分
    [M(QR)]
    分值分布[n(%)]
    [0, 20) [20, 40) [40, 60) [60, 80) [80, 100]
    项目库(n=22) 30.3(0, 84.2) 10(45.5) 4(18.2) 0(0) 1(4.5) 7(31.8)
    储备库(n=55) 0(0, 31.6) 38(69.1) 4(7.3) 7(12.7) 6(10.9) 0(0)
    z/χ2 2.1353 2.8000 1.0080 1.7320 0.1930 15.5920
    P 0.0327 0.0942 0.3154 0.1881 0.6608 0.0001
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    表  3   各类分库样本质量情况评分表

    样本分库 质量评分
    (x±s)
    合格情况分布[n(%)]
    出现过不合格 未出现过不合格
    项目库(n=22) 100.0±0.0 0(0) 22(100)
    储备库(n=55) 94.5±22.9 4(7.3) 51(92.7)
    t/χ2 2.0600 0.5340
    P 0.0444 0.4649
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    表  4   各类分库综合评分情况表

    样本分库 综合评分
    (x±s)
    分值分布[n(%)]
    [0, 40) [40, 60) [60, 80) [80, 90) [90, 100]
    项目库(n=22) 62.5±14.8 0(0) 7(31.8) 8(36.4) 5(22.7) 2(9.1)
    储备库(n=55) 57.9±17.9 4(7.3) 24(43.6) 23(41.8) 4(7.3) 0(0)
    t/χ2 2.8000 0.5340 0.4870 0.0337 2.2930 2.1690
    P 0.0077 0.4649 0.4851 0.8542 0.1300 0.1408
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  • [1] 杨静芳, 梁阔, 蔡彦宁.院级临床信息和生物资源样本库的建设与管理[J].华夏医学, 2015, 28:149-151. http://www.wanfangdata.com.cn/details/detail.do?_type=perio&id=hxyx201506048
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图(2)  /  表(4)
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出版历程
  • 收稿日期:  2019-04-21
  • 刊出日期:  2020-03-29

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