邮件订阅 RSS

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

宏基因组二代测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析

陆旻雅,  郭佳钰,  张栋,  苏慧婷,  高弈,  赵颖,  杨启文,  徐英春

downloadPDF
文章导航 > 协和医学杂志  > 2023 > 优先出版
陆旻雅, 郭佳钰, 张栋, 苏慧婷, 高弈, 赵颖, 杨启文, 徐英春. 宏基因组二代测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析[J]. 协和医学杂志. doi: 10.12290/xhyxzz.2023-0293
引用本文: 陆旻雅, 郭佳钰, 张栋, 苏慧婷, 高弈, 赵颖, 杨启文, 徐英春. 宏基因组二代测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析[J]. 协和医学杂志. doi: 10.12290/xhyxzz.2023-0293
shu
LU Minya, GUO Jiayu, ZHANG Dong, SU Huiting, GAO Yi, ZHAO Ying, YANG Qiwen, XU Yingchun. Analysis of the Clinical Value of Metagenomic Next-generation Sequencing in Central Nervous System Infection[J]. Medical Journal of Peking Union Medical College Hospital. doi: 10.12290/xhyxzz.2023-0293
Citation: LU Minya, GUO Jiayu, ZHANG Dong, SU Huiting, GAO Yi, ZHAO Ying, YANG Qiwen, XU Yingchun. Analysis of the Clinical Value of Metagenomic Next-generation Sequencing in Central Nervous System Infection[J]. Medical Journal of Peking Union Medical College Hospital. doi: 10.12290/xhyxzz.2023-0293
shu

宏基因组二代测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析

doi: 10.12290/xhyxzz.2023-0293

  • 中国医学科学院北京协和医院检验科, 北京 100730

基金项目: 

中央高水平医院临床科研业务费（2022-PUMCH-B-074）

详细信息
    通讯作者:

    杨启文,E-mail:yangqiwen81@vip.163.com

    徐英春,E-mail:xycpumch@139.com

  • 中图分类号: R446.5； R749.1+1； R446.14

Analysis of the Clinical Value of Metagenomic Next-generation Sequencing in Central Nervous System Infection

  • Department of Clinical Laboratory, Peking Union Medical College Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100730, China

Funds: 

National High Level Hospital Clinical Research Funding (2022- PUMCH-B-074)

    摘要
  • 摘要: 目的 探讨宏基因组二代测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值 方法 依托中国医学科学院北京协和医院感染性疾病宏基因组检测平台，回顾性分析2022年4—12月临床诊断为中枢神经系统感染性疾病的患者临床信息、常规实验室检测结果及二代测序结果等相关资料，评价宏基因组二代测序技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的价值。 结果 39例临床诊断中枢神经系统感染性疾病的患者中，29例（74.4%）检出疑似致病病原体特异性序列，其中11例（37.9%）检出细菌，13例（44.8%）检出病毒，3例（10.3%）检出真菌，1例（3.5%）检出细菌及病毒，1例（3.5%）检出真菌及病毒，阳性率为74.4%。10例报告阴性结果，假阴性率为25.6%。宏基因组二代测序技术的阳性率明显高于临床常规病原学检查（包括脑脊液涂片、培养、病原体抗原及核酸聚合酶链式反应）的阳性率（74.4%比23.7%）。 结论 相较于现有的临床常规病原学检查手段，宏基因组二代测序技术在中枢神经系统感染性疾病的诊断中具有更高的阳性率，可能有助于中枢神经系统感染性疾病的早期诊断。
    Abstract: Objective To evaluate the clinical value of metagenomic nextgeneration sequencing (mNGS) of cerebrospinal fluid in pathogenic diagnosis of Central nervous system (CNS) infection. Methods Basing on the mNGS platform at Peking Union Medical College Hospital， we retrospectively analyzed the clinical information， laboratory test results and mNGS results of patients diagnosed CNS infection during April 2022 to December 2022. Results Among 39 patients diagnosed CNS infection， pathogen-specific sequences were detected by mNGS in 29 cases (74.4%)， which included 11 (37.9%) bacterial cases， three (10.3%) fungal cases， 13 (44.8%) viral cases, one (3.5%) cases with bacteria & virus, and one (3.5%) cases with fungus & virus. Ten (25.6%) false negative cases were detected. The positive rate of mNGS was significantly higher than that of clinical testing including cerebrospinal fluid smear， culture， pathogenic antigen tests， and nucleic acid tests by polymerase chain reaction (74.4% vs. 23.7%). Conclusion Compared with clinical testing， mNGS has a higher positive rate in diagnosing CNS infection and could benefit for early pathogenic diagnosis of CNS infection.
    • HTML全文
    • 参考文献(24)
  • [1] Venkatesan A, Tunkel AR, Bloch KC, et al. Case definitions, diagnostic algorithms, and priorities in encephalitis:consensus statement of the international encephalitis consortium[J]. Clin Infect Dis, 2013, 57:1114-1128.
    [2] Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, et al. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis[J]. N Engl J Med, 2019, 380:2327-2340.
    [3] Glaser CA, Honarmand S, Anderson LJ, et al. Beyond viruses:clinical profiles and etiologies associated with encephalitis[J]. Clin Infect Dis, 2006, 43:1565-1577.
    [4] Fan S, Ren H, Wei Y, et al. Next-generation sequencing of the cerebrospinal fluid in the diagnosis of neurobrucellosis[J]. Int J Infect Dis, 2018, 67:20-24.
    [5] Xing XW, Zhang JT, Ma YB, et al. Metagenomic Next-Generation Sequencing for Diagnosis of Infectious Encephalitis and Meningitis:A Large, Prospective Case Series of 213 Patients[J]. Front Cell Infect Microbiol, 2020, 10:88.
    [6] 顾嘉程,吴洪,陈星兆,等. 宏基因组二代测序在诊断颅脑创伤相关中枢神经系统感染中的价值[J]. 中华神经外科杂志, 2020, 36:993-997.
    [7] 赵伟丽,林福虹,乔小东,等. 应用二代测序诊断中枢神经系统感染性疾病的回顾性分析[J]. 中华神经科杂志, 2020, 53:1016-1020.
    [8] 范思远,关鸿志,葛瑛,等. 北京脑炎协助组脑炎与脑膜炎诊断标准[C]. 第六届北京罕见病学术大会暨2018京津冀罕见病学术大会, 2019.
    [9] 张栋,陆旻雅,苏慧婷,等. 病原宏基因组高通量测序报告解读流程建议[J]. 临床实验室, 2023, 17:65-69.
    [10] Segawa S, Sawai S, Murata S, et al. Direct application of MALDI-TOF mass spectrometry to cerebrospinal fluid for rapid pathogen identification in a patient with bacterial meningitis[J]. Clin Chim Acta, 2014, 435:59-61.
    [11] Angeletti S. Matrix assisted laser desorption time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) in clinical microbiology[J]. J Microbiol Methods, 2017, 138:20-29.
    [12] 李霞,谭少华,韩孟,等. mNGS在中枢神经系统感染中的诊断效能评估[J]. 吉林医学, 2020, 41:1864-1865.
    [13] 姚仲伟,苏淑芬,李美锦,等. 宏基因组测序技术在儿童中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析[J]. 国际医药卫生导报, 2021, 27:1489-1491.
    [14] 中华医学会神经病学分会感染性疾病与脑脊液细胞学学组. 中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识[J]. 中华神经科杂志, 2021, 54:1234- 1240.
    [15] Yu G, Zhao W, Shen Y, et al. Metagenomic next generation sequencing for the diagnosis of tuberculosis meningitis:A systematic review and meta-analysis[J]. PLoS One, 2020, 15:e243161.
    [16] Du J, Zhang J, Zhang D, et al. Background Filtering of Clinical Metagenomic Sequencing with a Library Concentration-Normalized Model[J]. Microbiol Spectr, 2022, 10:e177922.
    [17] Zhang D, Zhang J, Du J, et al. Optimized sequencing adaptors enable rapid and real-time metagenomic identification of pathogens during runtime of Illumina sequencing[J]. Clin Chem, 2022, 68:826-836.
    [18] 张栋,张京家,杜娟,等. 病原宏基因组高通量测序性能确认方案[J]. 中华检验医学杂志, 2022, 45:899-905.
    [19] 中华传染病杂志编辑委员会. 中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[J]. 中华传染病杂志, 2020, 38:681-689.
    [20] 张栋,杨启文. 病原宏基因组检测平台的建设以及质量保证[J]. 中华医学杂志, 2023, 103:1092-1097.
    [21] Wang S, Chen Y, Wang D, et al. The Feasibility of Metagenomic Next-Generation Sequencing to Identify Pathogens Causing Tuberculous Meningitis in Cerebrospinal Fluid[J]. Front Microbiol, 2019, 10:1993.
    [22] Xing XW, Zhang JT, Ma YB, et al. Apparent performance of metagenomic nextgeneration sequencing in the diagnosis of cryptococcal meningitis:a descriptive study[J]. J Med Microbiol, 2019, 68:1204-1210.
    [23] Ji XC, Zhou LF, Li CY, et al. Reduction of Human DNA Contamination in Clinical Cerebrospinal Fluid Specimens Improves the Sensitivity of Metagenomic Next-Generation Sequencing[J]. J Mol Neurosci, 2020, 70:659-666.
    [24] Hasan MR, Rawat A, Tang P, et al. Depletion of Human DNA in Spiked Clinical Specimens for Improvement of Sensitivity of Pathogen Detection by Next-Generation Sequencing[J]. J Clin Microbiol, 2016, 54:919-927.
    • 相关文章
    • 施引文献
  • 资源附件(0)
  • 加载中
WeChat 点击查看大图
计量
  • 文章访问数:  22
  • HTML全文浏览量:  3
  • PDF下载量:  13
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2023-06-15
  • 网络出版日期:  2023-08-25

目录

    /

    返回文章
    返回
    友情链接: 国家卫生健康委员会 北京协和医院 中国医学科学院 学术不端检测系统 国际知识资源总库 中国知网 术语在线 中国全科医学
    地址：北京市东城区帅府园1号 北京协和医院老楼7号楼
    3层302室 《协和医学杂志》编辑部
    电话：010-69154261/4262
    E - mail：medj@pumch.cn
    mjpumch@126.com
    期刊网站版权所有：《协和医学杂志》编辑部
    京ICP备 11002662

    本系统由 北京仁和汇智信息技术有限公司 开发    百度统计

    x 关闭 永久关闭

    【温馨提醒】近日，《协和医学杂志》编辑部接到作者反映，有多名不法人员冒充期刊编辑发送见刊通知，鼓动作者添加微信，从而骗取版面费的行为。特提醒您，本刊与作者联系的方式均为邮件通知或电话，稿件进度通知邮箱为：mjpumch@126.com，编辑部电话为：010-69154261，请提高警惕，谨防上当受骗！如有任何疑问，请致电编辑部核实。谢谢！