Expert Consensus on Laboratory Testing for SARS-CoV-2
-
摘要: 新型冠状病毒肺炎疫情仍在全球肆虐,实验室检测是疫情防控的关键环节。基于目前实验室检测所积累的经验和难点,结合当前最新研究进展,中国医院协会临床微生物实验室专业委员会组织临床微生物学、分子生物学和免疫学检验相关专家共同制定了《新型冠状病毒实验室检测专家共识》。本共识对新型冠状病毒临床常用检测方法,尤其是核酸、抗体及抗原检测的技术特点、应用注意事项及生物安全要求进行了详细介绍,就目前新型冠状病毒实验室检测和结果解读方面的常见问题提出了解决方案,对核酸和抗体联合检测在不同病程阶段的临床应用及其意义进行了解读,以期为常态化疫情防控期间临床实验室开展新型冠状病毒精准检测提供参考。Abstract: With the global outbreak of the coronavirus disease 2019, the laboratory testing for the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2) has become the key to the epidemic prevention and control. Based on the questions, issues from the clinical practice and the latest research, the Sub-committee of Clinical Microbiology Laboratory, Chinese Hospital Association proposed "Expert Consensus on Laboratory Testing for SARS-CoV-2". The consensus panel is composed by experts in clinical microbiology, molecular biology and immunology laboratory medicine. The consensus describes the technological characteristics, precautions of clinical application, and biosafety requirements. It also includes the coping strategies for the most frequent problems and the challenges in testing and results explanation of commonly used clinical methods including nucleic acid, antibody and antigen tests, and combined testing of nucleic acid and antibody. We expect this consensus could provide guidances and reference opinions on how to conduct the precise laboratory testing for SARS-CoV-2 on the epidemic prevention and control.利益冲突:丹娜(天津)生物科技有限公司、北京贝尔生物工程股份有限公司和圣湘生物科技股份有限公司在本共识撰写过程中提供了技术支持
-
表 1 新型冠状病毒核酸检测常见注意事项及生物安全要求
步骤 注意事项 生物安全要求 样本采集 样本类型[2, 12]:
(1)普通筛查:推荐采集鼻咽拭子*[13-14]
(2)发热患者:
①发热门诊筛查:推荐采集鼻咽拭子
②处于疾病早期:推荐采集鼻咽拭子
③处于疾病中后期:除鼻咽拭子外,可采集下呼吸道样本(肺泡灌洗液、深部痰)、粪便、脑脊液[15]等,重症患者优先采集下呼吸道样本[12]
(3)阳性转阴患者:推荐采集鼻咽拭子
(4)疫情时期大规模筛查:推荐采集鼻咽拭子,可根据地方政策混合采样#[16],不推荐混合检测
(5)环境检测:可根据地方政策混合采样(1)医务人员按照国家相关规定进行全流程防护[12, 17-18],样本采集时注意避免医务人员与患者之间的交叉感染
(2)样本采集后立即插入含有病毒保存液的样本管,样本管单个装入密封袋
(3)制定样本洒漏应对措施[12]:对样本洒漏环境进行封闭,并使用含氯消毒剂或过氧乙酸消毒[12];上报医院感控部门,严禁人员流动[19],经会诊确定是否对暴露人群进行留观隔离
(4)工作结束后使用含氯消毒剂对环境消毒,并应用紫外线照射样本转运 (1)样本直立存放于转运箱内,应三层包装(即内层容器、第二层包装及外层包装),且包装符合B类(UN3373)标准[12],密封转运[20]
(2)样本采集后室温放置不宜超过4 h,应在2~4 h内送至实验室检测[21];如未及时转运,4 ℃储存不宜超过24 h[22],如需长途运输应使用干冰等低温保存[12]
(3)院间转运需有转运资质,专人专车[20](1)转运容器使用含氯消毒剂或酒精消毒[12]
(2)运输过程注意平稳,避免样本箱坠落导致致病性样本暴露于空气中,如有样本洒漏参照上述方法处理样本接收 (1)在生物安全柜内接收样本并核对样本信息
(2)不合格样本(渗漏、无标识等)登记后及时反馈临床或样本采集地点,并重新采样;不合格样本按生物污染垃圾处理(1)生物安全柜使用酒精消毒,并采用紫外线照射
(2)使用含氯消毒剂对样本管外表面消毒
(3)样本渗漏使用含氯消毒剂消毒,停止检测,密封打包,压力蒸汽灭菌后销毁[12]核酸提取 (1)建议对样本进行物理灭活(如56 ℃ 30 min等[23])或化学灭活(如采用含有胍盐的病毒保存管等[24])
(2)在生物安全二级及以上实验室进行[4],有条件的单位可采用负压实验室
(3)手工提取规范操作,严格防止污染
(4)自动化提取按要求进行设备维护及消毒(1)实验室空气采用紫外线照射消毒,必要时使用核酸清除试剂
(2)工作台面、地面使用含氯消毒剂或酒精消毒
(3)生物安全柜使用酒精消毒
(4)如使用自动化提取仪,对仪器进行消毒
(5)样本局限性污染使用含氯消毒剂消毒;如样本倾覆,保持实验室空间密封,使用含氯消毒剂消毒,必要时采用过氧乙酸或高锰酸钾-甲醛熏蒸,污染物采用压力蒸汽灭菌处理[12]PCR扩增及报告解读 (1)阴性对照、阳性对照信号合格,方可发布报告
(2)根据样本信号值与试剂产品说明书阈值,进行结果判读(1)扩增过程PCR管密封
(2)对PCR室消毒医疗垃圾处理 (1)废液:化学或物理消毒后,排入实验室水处理系统
(2)固体废物:分类收集,压力蒸汽灭菌处理[12](1)在医疗垃圾产生地使用两层医疗垃圾袋扎口并粘贴“新型冠状病毒相关医疗废物”(或类似字样)后,进行压力蒸汽灭菌
(2)通过医疗废物通道转运垃圾*新型冠状病毒附着在人黏膜上皮细胞,因此刮取鼻黏膜上皮细胞进行检测阳性率高,筛查门诊或疑似患者优先推荐采集鼻咽拭子。鼻咽拭子对新型冠状病毒检测灵敏度优于口咽拭子,其样本采集要求亦高于口咽拭子[13],样本采集医护人员需经过专业培训[18];#将拭子混合于样本保存液中,如核酸检测阳性,通知相关部门对混合样本来源患者单个隔离,并逐一采集单管拭子复核[12] 表 2 新型冠状病毒抗体检测常见注意事项及生物安全要求
主要步骤 注意事项 生物安全要求 样本采集 (1)样本类型:血清、血浆或全血均适用,空腹血最佳,成人建议采集3~5 mL[32-33],儿童按检测试剂盒要求的标本量进行采集
(2)针对人群:
①疑似患者:核酸检测阴性但有相关流行病学史、且肺部CT检查显示肺内病变符合新型冠状病毒肺炎影像特征的高度疑似患者,建议进行抗体检测辅助诊断
②发热患者:疫情中高风险地区发热患者或暴发流行期间发热患者,按照“1+3检查”模式(新型冠状病毒核酸检测、抗体检测、CT及血常规检测)进行检测;普通发热患者根据国家或地方规定进行检测
③境外入境人员:建议进行核酸抗体联合检测
④普诊筛查:一般不建议进行抗体检测(1)样本采集人员和检测人员应按照国家相关要求进行防护[33]
(2)采集血液样本应使用带有安全装置的针头;其他装备,如止血带,使用一次性装备[34]
(3)采血操作时预防针刺伤,加强职业防护,避免回套针帽、分离锐器等操作[19]
(4)采血拔针环节应注意防止血液迸溅和泄漏,造成环境污染
(5)采血后,使用酒精喷洒消毒采血管,标本单个装入密封袋
(6)工作结束后,使用含氯消毒剂对环境消毒,并应用紫外线照射样本转运 (1)抗体检测样本一般在院内转运,转运容器及要求同核酸检测样本
(2)30 min内送达实验室,一般不宜超过2 h;抵达实验室后,血清样本尽快离心,避免溶血[35](1)转运容器使用含氯消毒剂或酒精消毒
(2)运输过程注意平稳,避免样本箱坠落导致致病性样本在空气中暴露样本保存 (1)3 d内检测可于2~8 ℃存放,保存3 d以上的血清或血浆样本应存放于-20 ℃及以下,长期保存建议存放于-70 ℃及以下,全血样本不得冻存[34]
(2)应与其他样本分开保存,避免反复冻融使用含氯消毒剂或酒精消毒保存容器 样本接收 (1)生物安全柜内接收核对样本信息
(2)不合格样本(渗漏、无标识等)登记后及时反馈临床或样本采集地点,并重新采样;不合格样本按生物污染垃圾处理使用酒精消毒生物安全柜,并采用紫外线照射 样本处理与检测 (1)一般不对样本进行灭活处理
(2)在生物安全二级及以上实验室进行[33],开盖操作或手工检测应在生物安全柜中进行(1)避免气溶胶传播,定期对实验室空气采用紫外线照射消毒[36]
(2)使用含氯消毒剂或酒精消毒工作台面
(3)使用酒精消毒生物安全柜报告解读 阴性对照、阳性对照及质控结果是否合格 医疗垃圾处理 (1)废液:化学或物理消毒后排入实验室水处理系统
(2)固体废物:分类收集,压力蒸汽灭菌处理[12](1)在医疗垃圾产生地,使用两层医疗垃圾袋扎口并粘贴“新型冠状病毒肺炎相关医疗废物”(或类似字样)后,进行压力蒸汽灭菌
(2)通过医疗废物通道转运垃圾表 3 新型冠状病毒核酸及抗体联合检测结果解读[31]
核酸 抗体 结果解读 IgM IgG - + + 感染恢复期,IgM尚未降低至检测下限或感染活跃期或接种疫苗早期,建议复查核酸和抗体 +/± - 感染急性期或接种疫苗早期,建议复查核酸和抗体 - + 既往感染或已接种疫苗,建议1~2周后复查核酸和抗体 - - 未感染或感染潜伏期,建议采用不同试剂和/或窗口期样本复查,必要时进行动态监测 + + + 感染活跃期 + - 感染早期,IgM已产生,但IgG暂未产生或水平未达到诊断试剂的检测下限 - + 感染期,IgM降低,IgG升高 - - 潜伏期或感染早期等,人体免疫系统尚未产生抗体或水平未达到检测下限,建议3~5 d后复查抗体,并密切医学观察 -
[1] 范曼如, 申泉, 王丹琦, 等.临床实践指南制订方法——形成推荐意见的共识方法学[J].中国循证心血管医学杂志, 2019, 11:647-653. doi: 10.3969/j.issn.1674-4055.2019.06.02 [2] 国家中医药管理局办公室, 国家卫生健康委办公厅.关于印发新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第八版)的通知[EB/OL].(2020-08-18). http://www.gov.cn:8080/zhengce/zhengceku/2020-08/19/content_5535757.htm. [3] Pan Y, Zhang D, Yang P, et al. Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples[J]. Lancet Infect Dis, 2020, 20:411-412. doi: 10.1016/S1473-3099(20)30113-4 [4] Wu A, Peng Y, Huang B, et al. Genome Composition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-nCoV) Originating in China[J]. Cell Host Microbe, 2020, 27:325-328. doi: 10.1016/j.chom.2020.02.001 [5] Zhu N, Zhang D, Wang W, et al. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019[J]. N Engl J Med, 2020, 382:727-733. doi: 10.1056/NEJMoa2001017 [6] Corman VM, Landt O, Kaiser M, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR[J]. Euro Surveill, 2020, 25:2000045. [7] 王俊, 张栋, 陈晴晴, 等. PCR-核酸飞行时间质谱系统检测新型冠状病毒方法的建立及应用研究[J].中国全科医学, 2020, 23:4430-4435, 4442. doi: 10.12114/j.issn.1007-9572.2020.00.588 [8] Nachtigall FM, Pereira A, Trofymchuk OS, et al. Detection of SARS-CoV-2 in nasal swabs using MALDI-MS[J]. Nat Biotechnol, 2020, 38:1168-1173. doi: 10.1038/s41587-020-0644-7 [9] Iles RK, Zmuidinaite R, Iles JK, et al. Development of a Clinical MALDI-ToF Mass Spectrometry Assay for SARS-CoV-2: Rational Design and Multi-Disciplinary Team Work[J]. Diagnostics, 2020, 10:746. doi: 10.3390/diagnostics10100746 [10] Mahmud I, Garrett TJ. Mass Spectrometry Techniques in Emerging Pathogens Studies: COVID-19 Perspectives[J]. J Am Soc Mass Spectrom, 2020, 31:2013-2024. doi: 10.1021/jasms.0c00238 [11] Chen L, Liu W, Zhang Q, et al. RNA based mNGS approach identifies a novel human coronavirus from two individual pneumonia cases in 2019 Wuhan outbreak[J]. Emerg Microbes Infect, 2020, 9:313-319. doi: 10.1080/22221751.2020.1725399 [12] 国务院应对新型冠状病毒肺炎疫情联防联控机制医疗救治组.关于印发医疗机构新型冠状病毒核酸检测工作手册(试行第二版)的通知[EB/OL].(2020-12-30). http://www.nhc.gov.cn/yzygj/s7659/202012/b89bcd0813da41788688eb14787b3c72.shtml?from=singlemessage. [13] Marty FM, Chen K, Verrill KA. How to Obtain a Nasopharyngeal Swab Specimen[J]. N Engl J Med, 2020, 382:e76. doi: 10.1056/NEJMvcm2010260 [14] Michael MJ.临床微生物标本送检指南[M].马小军, 周炯, 杨启文, 等译.北京: 科学技术文献出版社, 2013. [15] Hung EC, Chim SS, Chan PK, et al. Detection of SARS coronavirus RNA in the cerebrospinal fluid of a patient with severe acute respiratory syndrome[J]. Clin Chem, 2003, 49:2108-2109. doi: 10.1373/clinchem.2003.025437 [16] 国务院应对新型冠状病毒肺炎疫情联防联控机制医疗救治组.关于印发新冠病毒核酸10合1混采检测技术规范的通知[EB/OL]. (2020-08-19). http://www.gov.cn/xinwen/2020-08/19/content_5535756.htm. [17] 中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会. WS/T511-2016经空气传播疾病医院感染预防与控制规范[S/OL].(2016-12-27). http://www.nhc.gov.cn/wjw/s9496/201701/7e0e8fc6725843aabba8f841f2f585d2.shtml. [18] 国家卫生健康委办公厅.国家卫生健康委办公厅关于印发医疗机构内新型冠状病毒感染预防与控制技术指南(第一版)的通知[EB/OL].(2020-01-22).http://www.gov.cn/zhengce/zhengceku/2020-01/23/content_5471857.htm. [19] 包磊, 米元元, 朱丽群, 等. 《新型冠状病毒患者标本采集技术专家共识》解读[J].中国临床护理, 2020, 12:185-189. doi: 10.3969/j.issn.1674-3768.2020.03.001 [20] 米元元, 朱丽群, 张淑梅, 等. ICU新型冠状病毒感染防护及管理的最新文献评价及汇总[J].护士进修杂志, 2020, 35:525-533. https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-FSJX202006010.htm [21] 中华医学会检验医学分会. 2019新型冠状病毒核酸检测专家共识[J].中华医学杂志, 2020, 100:968-969. doi: 10.3760/cma.j.cn112137-20200206-00206 [22] 童永清, 汪明, 徐万洲, 等.新型冠状病毒核酸检测临床实验室操作规范的建议[J].中华检验医学杂志, 2020, 43:209-210. doi: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2020.03.002 [23] Abraham JP, Plourde BD, Cheng L. Using heat to kill SARS-CoV-2[J]. Rev Med Virol, 2020, 30:e2115. doi: 10.1002/rmv.2115 [24] Pastorino B, Touret F, Gilles M, et al. Evaluation of Chemical Protocols for Inactivating SARS-CoV-2 Infectious Samples[J]. Viruses, 2020, 12:624. doi: 10.3390/v12060624 [25] Tian X, Li C, Huang A, et al. Potent binding of 2019 novel coronavirus spike protein by a SARS coronavirus-specific human monoclonal antibody[J]. Emerg Microbes Infect, 2020, 9:382-385. doi: 10.1080/22221751.2020.1729069 [26] 国家卫生健康委办公厅, 国家中医药管理局办公室.关于印发新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)的通知[EB/OL].(2020-03-03). http://www.gov.cn/zhengce/zhengceku/2020-03/04/content_5486705.htm. [27] Chau CH, Strope JD, Figg WD. COVID-19 Clinical Diagnostics and Testing Technology[J]. Pharmacotherapy, 2020, 40:857-868. doi: 10.1002/phar.2439 [28] Huang Z, Chen H, Xue M, et al. Characteristics and roles of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2-specific antibodies in patients with different severities of coronavirus 19[J]. Clin Exp Immunol, 2020, 202:210-219. doi: 10.1111/cei.13500 [29] Guo L, Ren L, Yang S, et al. Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-19)[J]. Clin Infect Dis, 2020, 71:778-785. doi: 10.1093/cid/ciaa310 [30] Xu X, Sun J, Nie S, et al. Seroprevalence of immunog-lobulin M and G antibodies against SARS-CoV-2 in China[J]. Nat Med, 2020, 26:1193-1195. doi: 10.1038/s41591-020-0949-6 [31] 宁雅婷, 侯欣, 陆旻雅, 等.新型冠状病毒血清特异性抗体检测技术应用探讨[J].协和医学杂志, 2020, 11:649-653. doi: 10.3969/j.issn.1674-9081.20200050 [32] 中华预防医学会医院感染控制分会.临床微生物标本采集和送检指南[J].中华医院感染学杂志, 2018, 28:3192-3200. https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-ZHYY201820038.htm [33] 国家卫健委疾病预防控制局.新型冠状病毒感染的肺炎实验室检测技术指南(第二版)[EB/OL].(2020-01-22). http://www.nhc.gov.cn/jkj/s3577/202001/c67cfe29ecf1470e8c7fc47d3b751e88.shtml. [34] 许艳.血站采血护士职业暴露及防范措施研究[J].基层医学论坛, 2019, 23:1651-1653. https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-YXLT201912012.htm [35] 上海市医学会检验医学分会.新型冠状病毒核酸和抗体检测临床应用专家共识[J].国际检验医学杂志, 2020, 41:1665-1669. https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-GWSQ202014002.htm [36] van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH, et al. Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1[J]. N Engl J Med, 2020, 382:1564-1567. doi: 10.1056/NEJMc2004973 [37] Burbelo PD, Riedo FX, Morishima C, et al. Sensitivity in Detection of Antibodies to Nucleocapsid and Spike Proteins of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Patients With Coronavirus Disease 2019[J]. J Infect Dis, 2020, 222:206-213. doi: 10.1093/infdis/jiaa273 [38] Ko JH, Joo EJ, Kim SH, et al. Clinical application of rapid diagnostic test kit for SARS-CoV-2 antibodies into the field of patient care[J]. J Microbiol Immunol Infect, 2020:S1684-1182(20)30160-2. doi: 10.1016/j.jmii.2020.07.003 [39] 邹明园, 吴国球.抗原交叉反应对新型冠状病毒血清特异性抗体检测的影响[J].临床检验杂志, 2020, 38:161-163. https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-LCJY202003001.htm [40] Wang Q, Du Q, Guo B, et al. A Method To Prevent SARS-CoV-2 IgM False Positives in Gold Immunochromatography and Enzyme-Linked Immunosorbent Assays[J]. J Clin Microbiol, 2020, 58: e00375-20. doi: 10.1128/JCM.00375-20 [41] 贾兴旺, 刘青, 陈泽衍, 等.胶体金法检测血清2019新型冠状病毒IgM和IgG抗体的临床应用及干扰因素分析[J].标记免疫分析与临床, 2020, 27:845-849. https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-BJMY202005027.htm [42] 薛雄燕, 朱嫦琳, 黄少珍, 等.血液样本灭活处理对三种SARS-CoV-2抗体检测方法结果的影响[J].南方医科大学学报, 2020, 40:316-320. https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-DYJD202003004.htm -