留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

甲基化特异性多重连接探针扩增及甲基化特异性PCR诊断Prader-Willi综合征方法比较

王薇 魏珉 宋红梅 邱正庆 施惠萍 赵时敏

王薇, 魏珉, 宋红梅, 邱正庆, 施惠萍, 赵时敏. 甲基化特异性多重连接探针扩增及甲基化特异性PCR诊断Prader-Willi综合征方法比较[J]. 协和医学杂志, 2014, 5(4): 369-375. doi: 10.3969/j.issn.1674-9081.2014.04.003
引用本文: 王薇, 魏珉, 宋红梅, 邱正庆, 施惠萍, 赵时敏. 甲基化特异性多重连接探针扩增及甲基化特异性PCR诊断Prader-Willi综合征方法比较[J]. 协和医学杂志, 2014, 5(4): 369-375. doi: 10.3969/j.issn.1674-9081.2014.04.003
Wei WANG, Min WEI, Hong-mei SONG, Zheng-qing QIU, Hui-ping SHI, Shi-min ZHAO. Comparison between Methylation-specific Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification and Methylation-specific PCR in Diagnosis of Prader-Willi Syndrome[J]. Medical Journal of Peking Union Medical College Hospital, 2014, 5(4): 369-375. doi: 10.3969/j.issn.1674-9081.2014.04.003
Citation: Wei WANG, Min WEI, Hong-mei SONG, Zheng-qing QIU, Hui-ping SHI, Shi-min ZHAO. Comparison between Methylation-specific Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification and Methylation-specific PCR in Diagnosis of Prader-Willi Syndrome[J]. Medical Journal of Peking Union Medical College Hospital, 2014, 5(4): 369-375. doi: 10.3969/j.issn.1674-9081.2014.04.003

甲基化特异性多重连接探针扩增及甲基化特异性PCR诊断Prader-Willi综合征方法比较

doi: 10.3969/j.issn.1674-9081.2014.04.003
基金项目: 

杨森科学研究委员会中国分会研究基金 2011—2012年

北京协和医院中青年基金 2012年

详细信息
    通讯作者:

    宋红梅 电话:010-69156271, E-mail:songhm1021@hotmail.com

  • 中图分类号: R394-33

Comparison between Methylation-specific Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification and Methylation-specific PCR in Diagnosis of Prader-Willi Syndrome

More Information
  • 摘要:   目的  应用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR, MS-PCR)和甲基化特异性多重连接探针扩增(methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification, MS-MLPA)方法对Prader-Willi综合征(Prader-Willi syndrome, PWS)进行诊断并比较两种方法的差异。  方法  回顾性研究2005年10月至2014年2月到北京协和医院就诊的患儿及正常对照共102例, 男57例, 女45例。其中正常对照16例; 荧光原位杂交或高分辨染色体确诊PWS阳性对照2例; 临床疑似PWS患儿84例。提取受试者外周血基因组DNA分别应用MS-PCR及MS-MLPA方法进行基因分析, 对疑似患儿进行确诊和遗传类型分型, 并计算两种方法的特异性、敏感性及准确度, 应用卡方检验对两种方法进行比较。  结果  MS-PCR结果示正常对照及阳性对照与其表型全部相符, 84例疑似患儿中有39例提示为PWS, 45例提示正常。MS-MLPA结果示除正常对照外的86例受试者中, 29例提示为父源缺失型PWS; 9例提示为母源二体型PWS; 47例提示为正常; 1例因DNA过于陈旧未检出有效结果。对比两种方法检测结果, 有2例MS-PCR结果显示为PWS, 但MS-MLPA结果显示为正常, 通过增加DNA用量重新进行MS-PCR检测后, 除外PWS。结合临床表现, 受试者中明确诊断PWS的患儿39例, 非PWS者63例。MS-PCR方法共出现2例假阳性, 假阳性率为3.17%(2/63)。MS-PCR方法敏感性100%, 特异性96.83%, 准确度98.03%;MS-MLPA方法敏感性97.43%, 特异性100%, 准确度99.02%。两种方法的敏感性、特异性及准确度差异无统计学意义(P均 > 0.05)。  结论  MS-PCR及MS-MLPA敏感性、特异性及准确度皆佳, 均可用于PWS诊断, MS-MLPA可区分父源缺失型及母源二体型。MS-PCR应保证DNA用量充足以避免假阳性出现。MS-MLPA应使用新鲜提取的DNA, 且实验条件要求更为严格。建议同时使用两种方法检测以获得准确结果。
  • 图  1  MS-PCR检测结果

    N:疑似患儿中提示为非PWS;PWS:疑似患儿中提示为PWS;PWSC:临床确诊的PWS阳性对照;SC:系统对照;NC:正常对照;MS-PCR:甲基化特异性PCR;PWS:Prader-Willi综合征

    图  2  受试者MS-MLPA分析结果

    A.男性正常对照;B.疑似患儿中提示为非PWS的男性患儿;C.疑似患儿中提示为父源缺失型PWS的女性患儿;D.疑似患儿中提示为父源缺失型PWS的男性患儿;E.疑似患儿中被诊断为母源同源二体型PWS的女性患儿MS-MLPA:甲基化特异性多重连接探针扩增;PWS:同图 1

    表  1  MS-PCR及MS-MLPA两种方法诊断PWS的敏感性、特异性、准确度比较(%)

    方法 敏感性 特异性 准确度
    MS-PCR 100 (39/39) 96.83(61/63) 98.03(100/102)
    MS-MLPA 96.83(38/39) 100 (63/63) 99.02(101/102)
    P 1 0.496 1
    MS-PCR、PWS:同图 1;MS-MLPA:同图 2
    下载: 导出CSV

    表  2  MS-PCR与MS-MLPA检测条件及适用范围对比

    方法 耗时
    (d)
    DNA用量 可检测
    基因位点
    DNA提取方式 单次样本
    检测最大限量
    诊断
    PWS
    区分遗传
    基因分型
    MS-PCR 2 1~3 μg 2 同批次样本对DNA提取方式或溶剂无特别限制 ≥30
    MS-MLPA 2 50~200 ng 约50 同批次样本需要使用同种提取方法及溶剂 15
    MS-PCR、PWS:同图 1;MS-MLPA:同图 2
    下载: 导出CSV
  • [1] Gunay-Aygun M, Schwartz S, Heeger S, et al. The changing purpose of Prader-Willi syndrome clinical diagnostic criteria and proposed revised criteria[J]. Pediatrics, 2001, 108:E92. doi:  10.1542/peds.108.5.e92
    [2] Nicholls RD, Saitoh S, Horsthemke B. Imprinting in Prader-Willi and Angelman syndrome[J]. Trends Genet, 1998, 14:194-200. doi:  10.1016/S0168-9525(98)01432-2
    [3] Jiang YH, Wauki K, Liu Q, et al. Genomic analysis of the chromosome 15q11-q13 Prader-Willi syndrome region and characterization of transcripts for GOLGA8E and WHCD1L1 from the proximal breakpoint region[J]. BMC Genomics, 2008, 9:50. doi:  10.1186/1471-2164-9-50
    [4] de Lind van Wijngaarden RF, de Klerk LW, Festen DA, et al.Scoliosis in Prader-Willi syndrome:prevalence, effects of age, gender, body mass index, lean body mass and genotype[J]. Arch Dis Child, 2008, 93:1012-1016. doi:  10.1136/adc.2007.123836
    [5] 王薇, 吴晓燕, 宋红梅, 等.甲基化特异性PCR方法诊断Prader-Willi综合征[J].中国当代儿科杂志, 2008, 10:486-488. http://www.wanfangdata.com.cn/details/detail.do?_type=perio&id=zgddekzz200804012
    [6] Nygren AO, Ameziane N, Duarte HM, et al.Methylation-specific MLPA (MS-MLPA):simultaneous detection of CpG methylation and copy number changes of up to 40 sequences[J].Nucleic Acids Res, 2005, 33:e128. doi:  10.1093/nar/gni127
    [7] Bittel DC, Kibiryeva N, Butler MG.Methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification analysis of subjects with chromosome 15 abnormalities[J].Genet Test, 2007, 11:467-475. doi:  10.1089/gte.2007.0061
    [8] Procter M, Chou LS, Tang W, et al.Molecular diagnosis of Prader-Willi and Angelman syndromes by methylation-specific melting analysis and methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification[J].Clin Chem, 2006, 52:1276-1283. doi:  10.1373/clinchem.2006.067603
  • 加载中
图(2) / 表(2)
计量
  • 文章访问数:  28
  • HTML全文浏览量:  4
  • PDF下载量:  6
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2014-08-04
  • 刊出日期:  2014-10-30

目录

    /

    返回文章
    返回

    【温馨提醒】近日,《协和医学杂志》编辑部接到作者反映,有多名不法人员冒充期刊编辑发送见刊通知,鼓动作者添加微信,从而骗取版面费的行为。特提醒您,本刊与作者联系的方式均为邮件通知或电话,稿件进度通知邮箱为:mjpumch@126.com,编辑部电话为:010-69154261,请提高警惕,谨防上当受骗!如有任何疑问,请致电编辑部核实。谢谢!